При выгрузке документа в 1С торговый агент получает сообщение "Документ не выгружен" или "Не все документы выгружены".
За сообщением в логе, идет более подробное объяснение причины почему документ не выгружен. Не выгруженные документы помечаются в журнале документов красным или фиолетовым ярлычком. Если нажать на строку документа, вы увидите описание причины почему не выгружен документ.
В настройках торгового агента установлено проведение документов в момент выгрузки. В разделе Тип создаваемого документа установлен параметр Проводить. Агент создал на КПК документ с такими параметрами, что он не может быть проведен в 1С. Ошибка проведения документа и есть ошибка выгрузки документа из КПК в 1С.
При выгрузке документа в 1С в Служебных сообщениях выводиться точная причина "непроведения" документа. Например в данном случае не хватает товара на указанном складе. Оптимальным решением будет устранить проблемы в документе и заново его выгрузить. Так же вы можете в настройках агента снять галку с обязательного проведения документа. Документ должен нормально выгрузиться в 1С и уже в офисе можно будет его изменить и провести.
Для получения подробных сообщений об ошибках необходима незначительная доработка вашей конфигурации 1С.
Для конфигураций на базу УТ 10.3 смотрите раздел Доработка конфигурации - сообщения об ошибках проведения.
Для конфигураций на базе 1С 7.7 смотрите в нижней части статьи из справочной системы.