Вы сформировали Ведомость по остаткам ТМЦ в 1С. На КПК выполнили запрос Полная загрузка. Сравнили остатки номенклатуры и они не совпадают.
В настройках отчета вы указали не те параметры которые используются при выборке остатков для отправки на КПК.
Есть три параметра которые влияют на выгружаемые остатки. Все параметры задаются в настройках агента и раскиданы по разным вкладкам.